欲修持药师如来法门者，应供药师如来像。上海佛学书局有石印彩色之像，可以供奉，宜装入玻璃镜中。供像之处，不可在卧室。若不得已，在卧室中供奉者，睡眠之时，宜以净布覆盖像上。
药师经，供于桌上。不读诵时，宜以净布覆盖。
供佛像之室内，须十分洁净，每日宜扫地，并常常拂试桌子。
供佛之香，须择上等有香气者。
供佛之花，须择开放圆满者，若稍残萎，即除去。花瓶之水，宜每日更换。若无鲜花时，可用纸制者代之。
此外如供净水供食物等，随各人意。但所供食物，须人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹调之蔬菜等皆不可供。
以上所举之供物，应于礼佛之前预先供好。凡在佛前供物或礼佛时，必须先洗手漱口。 此外如能悬幡燃灯尤善，无者亦可。
以下略述修持课仪，分为七门。其中礼敬赞叹供养回向发愿，必须行之。诵经持名持咒，可随己意，或惟修二法，或仅修一法，皆可。
一、礼敬
十方三宝一拜，或分礼佛法僧三拜。本师释迦牟尼佛一拜。药师琉璃光如来三拜。此外若欲多拜，或兼礼敬其他佛菩萨者，随己意增加。 礼敬之时，须至诚恭敬，缓缓拜起。万不可匆忙。宁可少拜，不可草率。
二、赞叹
礼敬既毕，于佛前长跪合掌，唱赞偈云：
;归命满月界 净妙琉璃尊法药救人天 因中十二愿慈悲弘誓广 愿度诸含生我今申赞扬 志心头面礼
以上赞偈出自药师如来消灾除难念诵仪轨。唱赞之时，声宜迟缓，宜庄重。
三、供养
赞叹既毕，于佛前长跪合掌，唱供养偈云：
;愿此香花云 遍满十方界一一诸佛土 无量香庄严具足菩萨道 成就如来香
供养毕，或随己意增诵忏悔文，或可略之。
四、诵药师经
字音不可讹误，宜详考之。
诵经时，或跪或立或坐或经行皆可。
五、持名
先唱赞偈云：
;药师如来琉璃光 焰网庄严无等伦 无边行愿利有情 各遂所求皆不退
然后念;南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来一声后再持念;药师琉璃光如来名号一百零八遍。若欲多念者，随意。
六、持药师咒
或据经中译音持念，或别依师学梵文原音持念，皆可。
或念全咒一百八遍。或先念全咒七遍，继念心咒一百八遍，后复念全咒七遍。心咒者，即是咒中唵字以下之文。
未经密宗阿阇黎传授，不可结手印。擅结者，有大罪。
持咒时，不宜大声，惟令自己耳中得闻。
持咒时，以坐为正式，或经行亦可。
七、回向发愿
回向与发愿大同，故今并举。其稍异者，回向须先修功德，再以此功德回向，惟愿如何云云。若先未作功德者，仅可云发愿也。
回向发愿，为修持者最切要之事。若不回向，则前所修之功德，无所归趣。今修持药师如来法门者，回向之愿，各随己意。凡药师经中所载者，皆可发之，应详阅经文，自适其宜可耳。
以上所述之修持课仪，每日行一次或二次三次。必须至心诚恳，未可潦草塞责。印光老法师云：有一分恭敬，得一分利益，有十分恭敬，得十分利益。吾人修持药师如来法门者，应深味斯言，以自求多福也。
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